国道16号保土ヶ谷バイパスという言葉がありますが①国道16号のバイパス(国道16号とバイパスは別の道路)という意味なのか②国道16号=バイパスという意味なのかどっちですか？

「バイパス」という言葉自体は、「迂回路」という意味合いがあります。もともとあった道路に対して、少し離れた別ルートのところに、同じ番号の道路として整備されたものがバイパスです。

「国道16号保土ヶ谷バイパス」は、国道16号の、保土ヶ谷地区やその近隣における、もともとあった国道16号に対する、迂回路、ということです。
したがって、概ね①と解釈してよいです。