かつてJR青梅短絡線の立川駅と西立川駅の間に在った武蔵上ノ原駅が廃止された事情ですが、この区間は快速電車しか通らず、例えこの武蔵上ノ原駅を残存させたとて、どのみち通過する為、という理由からでしょうか？

いいえ。
武蔵上ノ原駅は昭和19年の国有化と同時に廃止されました。

当時は大神経由の五日市線はまだ営業線として残っていました（すぐに休止されましたが）から、武蔵上ノ原駅は単に廃止されただけです。

（先ほどの回答では便宜上、そこにあったものとして立川〜武蔵上ノ原〜西立川と回答しています）