3DSの仕様としてSDカードの中にNNID（ニンテンドーネットワークID）に対応したフォルダが作成されます
たとえば今のNNIDの登録を解除して新たなNNIDを登録した場合は別のフォルダが作成されそこにダウンロードソフトなどのデータが入るようになります
3DSからは現在登録されているNNID用のフォルダ以外の別のフォルダには干渉できないので別のNNIDを登録するとホーム画面からポケモンバンクなどダウンロードソフトが全て消えます
つまりNNID関連で余計なことをするとポケモンバンクが使えなくなるのでそれはそのままでいいです
バンクからホームの引っ越し方法には2つあります
1つは3DSを操作して送るポケモンを任意に決める方法です
こちらはバンクでの引っ越し作業の最後にホーム側で発行した引っ越しパスワードを入力する必要があります
もう1つは3DSのバンク内のポケモンを全てホームに引っ越す方法です
こちらは事前にNNIDとニンテンドーアカウントを連携しておく必要がありますがちまちま操作せず一括で引っ越しができます
手元に3DSがあるならどちらでも引っ越しできるので好きな方を使ってください
一応それぞれのデメリットとしては前者はパスワードの入力期限が3分なので入力にかなり時間を要す人だとなかなか厳しかったりします
後者は全て引っ越してしまうせいで3DSに残しておきたいポケモンは一度ゲーム側に避難させたりしないといけないので手間です
