まどドラ(Madoka Magica Game)の有償石がSteamとAppleのストアで別々に課金してしまった場合、現在のところ公式から提供されている方法では合算する機能は存在していません。それぞれのストアで購入した有償石は、そのストアのアカウントに紐づいて管理されています。
ただし、ゲームのアップデートやサービスの改善により、将来合算機能が追加される可能性はあります。公式サイトや公式のソーシャルメディアアカウントを通じて、最新の情報を確認することをお勧めします。
また、サポートに連絡することも一つの解決策です。SteamやAppleのサポート窓口を通じて、ゲーム内で課金した有償石の合算について問い合わせることで、何か対応策があるかどうか知ることができます。ただし、サポートの返答によっては合算ができない場合もありますので、あらかじめご了承ください。