航空券に関しては国際線は基本的に行程をスキップする事ができません。
なのでバンコク→カラチに搭乗しないとそれ以降の全ての区間が無効になります。
タイ入国時にはTDACを申請してある事が必須です。
まぁ、イミグレ前にタブレットが置いてあってそこで入力してもいいのですが、入国審査を受けるためにはTDACの提出が必須です。
TDACでは出国の便を入力する必要があります。
行きも帰りもバンコクで入国されるならTDACは2通提出が必要です。
行きだけ入国してパキスタンのビザ待ちをして帰りは入国しないのであればTDACの申請は1回で大丈夫ですが、カラチへ行く便を入力する必要があります。
便の予約そのものは変更できるチケットであれば変更すればよいと思いますし、変更できないのであれば成田ーバンコク以降は破棄するしかないと思います。
ただ、これはバンコク到着時にまだビザがでていなかった時の話です。
そしてビザが間に合わなかった時にタイに入国の必要が出て来ますが、TDACの問題もあります。
未確定という申請はできないので出国の便を決める必要があります。
変更可能であればとりあえず、翌日にでも変更した状態でTDACもその通り申請すればよいですが、変更不可の場合は少しやっかいです。
まずは、チケットが変更可能かどうかをご確認下さい。