にじさんじグッズの再販に関しては、おそらくご質問の通り、受注生産のためだと思われます。特に個々の商品が別々の生産スケジュールを持っている場合、一度に複数の商品を注文しても、同時に生産や発送できないことがあります。
Twinkle Giftsのサイトの説明によると、同じシリーズ以外の商品は同封不可と書かれていますが、これはおそらく組み合わせ生産や発送の複雑さや在庫管理のためのルールだと思われます。異なるシリーズの商品は個別に生産され、異なるロケーションに保管されている可能性があるため、一度に複数の商品を同封して発送するのは困難であると解釈できます。
もし同時購入したい場合、個々の商品を別々に注文することで発送が可能です。ただし、発送日時が異なる場合がありますので、到着を待つことになるかもしれません。希望の発送日時や商品の組み合わせについての詳細な情報は、Twinkle Giftsのカスタマーサポートや公式の問い合わせ窓口に直接お問い合わせいただくのが最も正確です。