シリアルを使っているプログラムが書き込まれているはずなのにCDC(USBシリアルデバイス)として認識しないのか、それともシリアルを使っていない状態にしてしまったのか、書かれていないのでわからない状況はありますが、とりあえず、
USBを自前(マイコン自身)で制御するArduinoは、リセットボタンのダブルクリック(連続2度押し)で強制書き込みモードに入るのが普通です(Leonardoとかも同様)。
UNO R4では、ダブルクリックでDFUモード(USBからの書き込み専用モード)に入るようで(このとき橙色LEDがふわふわ点灯)、シリアルデバイスにはなりませんが書き込みは出来るはず。
それで書き込みできるなら故障ではありません。DFUモードに入れなかったりするならば故障の可能性が高いです。
