他の方が答えているとおり sftp または scp での転送で良いです。
どちらも ssh を用いたファイル転送を実現するプロトコルになります。
（ftp と sftp の違いにご注意下さい。sftp は ssh で暗号化されています）
Windows からファイルを自動転送との事ですので、
例えば、WinSCP を用いて自動化する方法があります。
https://codingls.com/bat/3918/
Go や Node 言語による専用ツールもあります。
Go 言語で作られたものは実行ファイル形式でダウンロードできるので、
Go 言語のダウンロードせずに使用する事も可能です。
https://github.com/capcom6/sftp-sync
単に手動でも転送できれば良いのであれば、FTP クライアントで良く、
WinSCP や Filezilla でssh と同じユーザー・パスワードまたは暗号鍵で
接続ができ、すぐに転送できるはずです。
samba をインストール・設定までする手間は必要ありません。
