はい、東京工科大学の「共通テスト利用の高得点2科目型」で2学科に申し込む場合は、出願書類は1回の出願につき1度提出で問題ありません。つまり、2学科の出願に関しては、出願書類を1回提出すればよいということです。
調査書も同じです。2学科に申し込む場合でも、調査書は1枚で提出できます。ただし、出願時にどの学科に申し込んでいるか明確に示すことが重要です。
注意点として、各学科の特定の要件や注意事項がある場合があるので、東京工科大学の公式ウェブサイトや直接お問い合わせで詳細を確認することをお勧めします。