GitHub Copilotにおける両者の違いは以下の通りです。
・Agentモードのチャットにプロンプトファイルを参照させる方法：一時的な指示として、その場限りでプロンプトファイルを読み込ませて質問する方式です。セッションごとに異なるプロンプトを柔軟に使い分けられますが、再利用性は低くなります。
・カスタムエージェント（.github/agents/）を使用する方法：プロジェクト内に永続的なエージェント定義を配置し、チーム全体で共有・再利用できる方式です。エージェントの設定がリポジトリに保存されるため、一貫性のある動作が期待でき、プロジェクト固有の知識やルールを組み込んだエージェントを作成できます。
本質的な違いは、前者が「その場限りの指示」であるのに対し、後者は「再利用可能な定義済みエージェント」である点です。用途に応じて使い分けることで、効率的な開発が可能になります。
