>クリアファイルで投函してし…
じゅうぶん、じゅうぶん。
>(入れている物は開業届、控え、青色申告申請書の3枚です)…
控えに受領印を押しての返却はなくなったのです。
もう返ってきませんので、書いた内容を覚えているうちに控えを作っておきましょう。
https://www.nta.go.jp/taxes/tetsuzuki/onatsu/index.htm
>書類に不備などがあった場合連絡頂けるの…
便りのないのは元気な証拠。
便りがあったらどこか不備があるということです。
何も言ってこないことを祈りましょう。