大学の顔写真について合格した後に、出願時に提出した顔写真が【3ヶ月以内に撮った写真】という条件を満たしてないことに気づいて大学に報告した場合、合格取消になりますか？

100%なりませんから安心してください。

３ヶ月以内というのは、試験時の顔の照合で困らないようにする為です。
質問者様は顔照合がきちんと済んでるわけですから、今更替え玉の疑いをかけられることは無いです。