既に解決済みかも知れませんが参考までに・・・
生理痛ではなくお腹が痛いと言いました・・・との事ですのでウイルス性胃腸炎を疑われた可能性もあります。
従って生理痛とはっきり言われたら問題無いと思われます。
業種が分かり兼ねますが・・・特に飲食業の場合、腹痛・下痢等を発症した場合、出勤停止が多く見受けられます。
理由として・・
ウイルス性胃腸炎(ノロ・ロタ・サポ・アデノウイルス等)だった場合、人に感染する可能性があります。
特に店のトイレを使用した場合感染率はアップします。
お客に感染した場合、損害賠償問題含めて営業停止に発展する事もありますので店に多大な損害を与える可能性があります。
その為、診断書を提出させる店は結構あります。
完治してもそれが自己判断の可能性もありますので診断書の症状の経過欄に完治の記載がされるまでは出勤停止の所もあります。
長々と書きましたが何某かの参考になれば幸いです。
お大事になさって下さい。