区間を指定して、検索後の一覧では○、さらに進んでみると×になると言うことですよね?
これは、区間指定した「発駅」時点では空席があることを示します。つまり、途中駅から別列車に乗り継げば着駅に到達できる可能性がある(かも?)を示しているのです。ちょっとややこしいですが、完全に満席と言う訳ではないのです。
例えば 新大阪→東京 を利用するにあたり
・新大阪→東京 では満席・・・・・・列車を選んだ結果
・新大阪→名古屋 には空席あり・・・・・・最初の検索結果
この様な仕組みだと思ってください。
ちなみにEXシステムの座席指定は、窓口で購入するものと同一です。