韓国語の二重母音(ㅐㅔㅒㅖㅘㅚㅙㅝㅟㅞㅢ)は、文字通り発音されないものが割とあります。(ㅐㅔㅒㅖㅚが特にひどい)
おそらく昔:ハングルが作られた頃は文字通りの発音をしていたと思われますが、しだいに発音がずれていって、今の発音になっています。
たとえば「愛」は中国語でも [ai] と発音しますが、韓国語は애 [e]という発音になっています。
ㅐはㅏ[a]とㅣ[i]が合成された記号なので、元々ㅐは [ai] と発音されていたと考えられます。
日本語でもai→e、oi→eと発音が変化している例があります。
ai→e (ㅏ(a)+ㅣ(i)→ㅐ(e))
こまかい、たかい、あかい
こまけぇ、たけぇ、あけぇ
oi→e (ㅓ(eo)+ㅣ(i)→ㅔ(e))
おそい、つよい、おもしろい
おせぇ、つえぇ、おもしれぇ
ㅚとㅙが実質ほぼ同じウェの発音になったのも、似たような現象が起きたと思われます。~される(~되다:ドゥエダ)→されます(~돼요:ドゥエヨ)の形で、比較的使用頻度が高いからか、音のずれが激しいように思います。
理屈はさておき、二重母音は個々に「そう発音するものだ」として覚えましょう。