ご質問文で「否決とみなされた場合は」とあるのは変ですね。誤解があるようです。
①予算と衆議院先議の条約承認で、衆議院可決後30日間参議院が議決しない時
②総理大臣指名で、衆議院指名後10日間参議院が指名しない時
①②の場合は、自動的に衆議院の議決が国会の議決になります。否決とみなす手続きは行われません。
両院協議会は開かれません。
予算・衆議院先議の条約承認・総理大臣指名で、衆議院と参議院の議決が異なった時は、必ず両院協議会が開かれます。
①②の場合は、参議院は議決していないのだから、両院の議決が異なったのではありません。だから両院協議会は開かれません。
仮に、否決とみなすなら、両院の議決が異なることになり、両院協議会が必要になってしまいます。
法律案の場合は、衆議院可決後60日間参議院が議決しないときは、衆議院は参議院が否決したとみなす事が出来ます。このみなす手続きには衆議院の議決が必要です。
みなした時は、衆議院は両院協議会の開催を請求する事が出来、請求があれば参議院はこれに応じなければいけません。
ただし、衆議院は両院協議会の開催を請求せず、そのまま廃案にしてしまっても構いません。