就業規則の制定(改正)届け出は、事業者の手続き義務であって、意見書添付はその手続きの一端でしかありません。すなわち意見書添付なくとも、意見を聞いた手続き経たことを届け出者が疎明すれば、届け出は受付されます。
だからといって届け出によりその就業規則が有効になるわけではありません。有効になるのはその就業規則を労働者に周知すれば効力をもちます。また労働者不利益変更は、周知をもって有効となることはなく、労働契約法にさだめた諸要件を満たさなければなりまん。
今回の変更が組合員の不利益、特に過去に書面で結んだ労働協約に反するなら、その旨記載すればいいし、受付された時機をみはからって、所轄労働基準監督署に申し出て労働基準法92条2項の協約違反としての就業規則変更命令を出してもらえばいいでしょう。
協約違反でなく単に改悪となる就業規則変更であれば、その旨意見記載し、「今回の改悪は労働契約法に沿っておらず有効とはならない、今後団体交渉要求し、裁判も辞さない」と書けばいいです。ただそう書く場合は、組合として意見集約されてください。