JRの駅で最短の道順を聞いて神対応をされたとき、JRのサイトに感謝のコメントを投稿するのは変ですか？

問題無いと思いますよ。

「何月何日何時ごろ、〇〇駅でルートを聞いたが、
大変親切に教えていただきました。
ありがとうございました」

もしかすると、駅員さんの評価査定等が
顧客応対が良かった、と
ちょっぴりプラスになるかも。