一成分型のシーリング材は触媒とか硬化剤で硬化するのではなく空気中の湿気等で硬化するものとエマルジョンタイプのようにシーリング材に含まれる水分とか溶剤が抜けることによつて硬化します
ご質問の場合には未硬化の状態の時に上からシーリングをするとシーリングが湿気を取り込むとか溶剤が抜けられませんので硬化には下地からとなります
例えばアルミサッシ下の面台との取り合い目地の場合は金属ですから硬化は極端に遅くなります
シーリング材施工の常識は既存シーリング材の完全硬化後に新しく打ち継ぐとなっています
表面のシーリング材の方が早く硬化しますから可動する目地ならば経日によってシーリング材にひび割れが発生するという事になると思います
また、異種のシーリング材の打ち継は接着しない場合がありますので同種のシーリング材での打ち継ぎが理想です
シーリング材の打ち継ぎは下のシーリング材が完全硬化しなければ施工してはいけないという事が常識です
