情報が少なすぎてどういった状態かは不明ですが、あくまで憶測で良ければ。
一般的に予約と同時にカード決済すると予約した日程でカードの引き落とし予定が入ります。（サイトによりますが）
例えば２月に5/20の予約したのであれば2月のカード決済に入り3月に決済金額の確定、4月に引き落としかと思われます。
決済金額確定後に予約をキャンセルしたら一旦引き落としされ、その後に返金処理となります。このタイムラグのことではないかと推測します。
なので「まだキャンセルで来てない」のではなくホテルが言うようにキャンセルはできていると思います。ただ、キャンセルした日程が決済金額確定の後だったので引き落としされたということではないでしょうか。
