旧端末と新端末を並べて行う「クイックスタート」なら、iCloud容量がいっぱいでも基本的にデータは移行されます。
「○○項目がiCloudに同期されていません」と表示されるのは、iCloudには保存できていないという意味で、端末内にあるデータが消えたり、移行できないという意味ではありません。
クイックスタート：端末→端末で直接コピー → iCloud容量は関係なし
iCloudバックアップから復元：iCloud容量が足りないと一部入らない可能性あり
なので、写真などが「iCloud未同期」と表示されていても、旧iphoneに残っていれば新端末には移行されます。
