神社仏閣の参拝で左右に余裕がある賽銭箱の前で１列に長蛇の列を作って１人づつ、１組づつ参拝するのは作法ですか？長蛇の列を尻目に横から参拝するのはいけませんか？

神社ごとにルールがあります。

また全国の神社を統括する神社本庁では、そういった方式を定めてはおりません。

また、横からの参拝を禁止するような例は、ほぼ無いでしょう。