JR新快速で途中下車したいのですが、自動改札でも通れますでしょうか。大阪駅が終着点で一個手前の新大阪で降りたいです

新大阪では改札を出るものという前提で回答します。

「大阪駅までの乗車券・きっぷとして購入しているが、新大阪で降りることになった。購入したよりも短い区間での利用となるが、問題はないか。きっぷは回収されてもよい」ということなら、問題ありません。
そうではなく用語としての「途中下車」、つまりその後新大阪〜大阪間で再度利用するつもりであるのなら話は変わってきます。具体的な可否については「どこの駅から出発か」によって変わりますが、新大阪・大阪については不可であるケースの方が多いです。