会社が通勤時間を計算する場合、家から駅までは徒歩と自転車どちらで計算するのでしょうか。また、乗り換え時間等も通勤時間に入るのでしょうか。

普通は公共交通機関のみで換算しますかね。じゃないと、のろのろ歩く人もいれば自転車飛ばす人もいるからです。公共交通機関であれば平等に合理的判断がくだせるからです。ただし、公共交通機関が無くあまりにも距離がある場合は、会社規定でその区間の距離が徒歩などで実際にどれくらいなのかを計算したりもします。そういう話なのであれば会社に聞いて下さい。社外の誰も分かりません。