昔は公定歩合（日銀が銀行に資金を貸し出す金利）で金利が操作されていましたが、金利を自由化した結果として、現在では市場で金利が決定されてます。これがコール市場での金利です。銀行は、日銀に資金を借りなくても、コール市場で不足資金が調達できます。
現在日銀が操作しているのは、このコール市場の金利の目標金利となります。
そして具体的に何を行うのかというと、日銀の負債であり銀行の資産である日銀当座預金（実際には超過準備限定）に対する付利金利を、政策金利にします。
つまり、超過準備として日銀に放置するだけで政策金利での利息が貰えるのですが、その金利を操作します。
超過準備というのは、銀行が自由に動かすことが出来るお金なので、このお金を超過準備として日銀に預けておくだけではなく、コール市場で運用することも可能です。
そしてコール市場の金利（コールレート）が、政策金利（超過準備の付利金利）よりも高いのであれば、コール市場で資金運用した方が得になるので、コール市場に資金が流れ込んで、コールレートが低下します。
そして、コールレートが政策金利よりも低ければ、銀行は超過準備として放置した方が得になるので、資金が超過準備として固定化されて、コール市場には流れなくなります。
結果、コールレートは概ね政策金利レベルとなります。
なお、昔の公定歩合に相当するものも残っており、これが基準貸付利率です。
基準割引率および基準貸付利率（従来「公定歩合」として掲載されていたもの）の推移公表データ一覧
https://www.boj.or.jp/statistics/boj/other/discount/discount.htm
銀行は、コール市場で資金調達が出来なくても最悪この金利で資金を借りることが出来るので、基準貸付利率は、コールレートの上限を与えることになります。
現在は、0.75%で、政策金利と一致しているようです。
