「良いお年を」は日本独自の表現で、英語の直訳ではありません。この挨拶は「良いお年をお迎えください」の省略形で、江戸時代から使われてきた日本の伝統的な年末の挨拶です。
ご指摘の不自然さについてですが、この表現は「来る新年を良い年として迎えられますように」という意味を込めた、年内最後に会う際の別れの挨拶です。年が明ける前の時点で使うため、「良い年始を」ではなく「良いお年を(お迎えください)」となります。
英語の\u0026quot;Have a happy new year!\u0026quot;は年末年始どちらでも使えますが、日本語では年内は「良いお年を」、年明けは「明けましておめでとうございます」と明確に使い分けます。12月29日に「良いお年を」と言い、1月4日に「明けましておめでとうございます」と挨拶するのは、この使い分けに沿った自然な流れです。
「良い」という言葉も古くから日本語に存在する形容詞で、直訳ではありません。「良き年を迎える」という表現は古典的な日本語の言い回しです。