遺伝子の数というのは遺伝子として働く領域の数ということですか？

世間一般に遺伝子の数と称しているのは、タンパク質をコードする遺伝子です。

具体的には全ゲノム配列から実験的にあるいはコンピューターによって同定されたコード配列（CDS）の数です。

タンパク質をコードしない遺伝子（rRNA, tRNA, miRNAなど非コードRNAの遺伝子など）は勘定に入れていないことが多いです。