何か勘違いされていませんか?
基礎控除というのは、最終的に全ての所得(給与所得や雑所得)を合計してから最後に、課税所得から控除するものです。
控除額が還付されるわけではありません。
例えば、給与所得が130万円あったすると、基礎控除が最大の95万円が適用できるので、課税所得が35万円になり、その課税所得に5%の所得税が課税されるということです。
今年は昨年の基礎控除48万円が最大95万円になり、給与所得控除も55万円から65万円に引き上げられたので、質問者さんは源泉徴収されていた所得税が還付されたということだと思います。
住宅ローン控除は課税額から控除されますので、収入から控除される給与所得控除や基礎控除とは異なる制度になります。
ただし住民税を計算するための所得控除は変更されていませんので、来年6月からの住民税は、今年の6月からの徴収額と変わらないと思います。