所得税の確定申告に必要な寄付金控除の証明書（寄付の領収書）について、確定申告書を提出する時に税務職員に提示すれば、添付しなくても良く、領収書は持ち帰ることができるそうです。このときに、寄付の領収書に「税務署確認済」のようなゴム印を押印されたりするのでしょうか？

特にそういった押印は無いですね。



元々保管義務であり提出は義務付けられていないので、提示を求められた際に対応出来るよう適切に補完されていれば問題ありません。

税務署で行う場合にも、提示はあくまで指示された時のみで問題ないものですし、その場合に押印をしたりなどもありません。

場合によってはコピーを取るくらいはあるかもしれませんが、通常無いです。