今後マツダが12RとかでスーパーGTに参戦する可能性はありますか？

ないです。

GT 300出場車両は、メーカー製GTマシンのGT3とか、後はJAFの特例公認で側だけ市販車のボディーをかぶせたような車しか出ません。
12 RはGT3仕様は無理ですし、マツダがJAF車両を作ることもないですから。