物理カードのPASMOからモバイルPASMOに移行した場合、PASMO ID番号が変更された状態でモバイルPASMOに残高を移行します。
残ったカードのPASMOは残高が無くなり鉄道やバス等で利用できない状態になりますが、駅等でカードを返すことでデポジット分が返却されます。
以上の仕様なので、質問文と補足文を見る限りでは正常にカードからモバイルPASMOへ移行できているかと思いますが…
参考:
https://www.pasmo.co.jp/mp/and/start/transfer/process/
https://support.mobile.pasmo.jp/faq/show/5151