22.05Hzでも問題なく処理できます。問題はそこではありません。
サンプルレートを下げてるってことは・・・それ、音楽でよく使われるAAC-LCでなく、より高圧縮のHE-AACやHE-AAC v2なのでは?
AACGainで処理できるのは、AAC-LCだけです。HE-AACには非対応(READMEにも書かれてます)。
こちらで、「Audio」の「Format」をご確認を。
https://mediaarea.net/MediaInfoOnline
「AAC LC」なら、AAC-LCなので処理可能なはず。
「AAC LC SBR」なら、HE-AACなので不可。
「AAC LC SBR PS」なら、HE-AAC v2なので不可。