直通運転をやっている路線では、車両のやりくりの都合でどうしても需要とは違うかたちでの列車運行をしなきゃならなくなることが発生します。
それは違う会社の電車が乗り入れることによって発生する「電車のレンタル料」の問題なんです。
例えば西武鉄道から東京メトロに電車が乗り入れると、その電車は東京メトロでは西武鉄道から有償でレンタルした電車が走っているという扱いになります。税制上の問題や資産管理の問題で、そのような扱いにしておく必要があるのです。
これをいちいち計算してお金でやりとりするのは大変なので、西武鉄道から東京メトロに電車が乗り入れれば、同じ分だけ東京メトロから西武鉄道に電車かせ乗り入れるようにします。こうして電車のレンタル料を相殺していく必要があるのですが、西武鉄道の場合はこれで東京メトロだけでなく東急電鉄も絡んでくるので、その調整がとても難しい場合があるのです。
この調整のために、人の流れ的には清瀬や所沢まで運行したい時間帯でも、電車を石神井公園や保谷で折り返しさせねばならない場面がどうしても生じてしまう、ということです。
質問者様が指摘される状況のダイヤの詳細がわからないですが、こういう事情があることは頭に入れておいてください。