そうです。
道交法においては「イヤホン禁止」が明記されているわけではなく、各都道府県の条例によって「周囲の音が聞き取れない状態」についてを禁じています（その文章の中で「イヤホン禁止」とある場合もありますが）
そのためこの通達にあるように「周囲の音が聞き取れている」のであれば違反にはなりません。
ただその通達内には
＞イヤホン等を使用した自転車利用者に対する指導取締りに当たっては、イヤホン等の使用という外形的事実のみに着目して画一的に違反の成否を判断するのではなく、例えば、警察官が声掛けをした際の運転者の反応を確認したり、運転者にイヤホン等の提示を求め、その形状や音量等から、これを使用して自転車を運転する場合に周囲の音又は声が聞こえない状態となるかどうかを確認したりすることにより、個別具体の事実関係に即して違反の成否を判断すること。
とあるように、停車の声掛けを求められて時間を取られる可能性があります。もちろん無視すれば「聞こえなかった」と見なされることもあるでしょう。
ただ個人的には聞こえているのだとしても運転中のイヤホンの使用はおすすめしません。音楽等を「聴いている」というのは思っているよりも注意を散漫にして視野を狭めます。自転車は特に後方からの接近等を音で認識している部分がありますし、スピードが出ていればちょっとした判断の遅れが事故につながりかねません。
