その航空券次第かな。
同じ航空会社なら少なくとも国内線をバラで買うより安くなるはずです。また同じアライアンスなら安くなることがおおいです。自分は逆に海外から羽田経由で大阪に帰る事がよくありますが、JAL提携のカンタスだとタダ(羽田行きと同じ値段)という事がありました。また高くなんても3千円くらいとか。
航空券を買う時に羽田発と伊丹発を両方比べてみるといいでしょう。
飛行機のほうが移動が少ないので楽だと思いますよ。もしスーツケースあるなら、スーツケースで新幹線は外国人が狂ったような量の荷物持ち込んだりで置き場がなかったりすることもあるので、飛行機のほうが心配しなくていでしょう。