かなりよくまとまっていますがもう一声！
以下を補足／返信されたし。
宿名
→＝正確な位置次第では、公式最寄駅以外にも利用可能駅がある可能性が高い。京急などの利用もあり得る
初日に体力的余裕があってかつ間に合うならここはあり？（笑）
https://www.tokyotower.co.jp/fee/
宿は最早で何時頃発可能？
趣味趣向
→挙げるための取っ掛かりが無いと…
一応
行きもe-LineRか東名ハイウェイバスはあり？
朝に出れば充分間に合いそうな…
東名ハイウェイバスの大半は上りのみ霞が関を通るので、霞ヶ関駅→地下鉄日比谷線→八丁堀駅→京葉線→海浜幕張駅と行けます。
https://www.jrtbinm.co.jp/highway/busstop/map/130004/
大学生なら大学名
→博物館・美術館の中には、特定大学の学生のみ常設展無料にしている箇所があるため
以下暫定回答
フリーきっぷは、何処をどれだけ回るか次第。
TokyoSubwayTicket
※地元出発前に引換券購入要
TokyoSubwayTicketとスカイツリーなどの入場券やゆりかもめ24時間券などのセット
TokyoCityPass
が挙がりますが…
経路
その2箇所だけなら、
品川シーサイド駅→りんかい線・埼京線直通（標準時間帯で20分毎）→恵比寿駅→地下鉄日比谷線→六本木駅
或いは、
青物横丁駅→京急本線→泉岳寺駅→一旦下車して上記に引換→都営浅草線→大門駅→六本木駅
か、
青物横丁駅→京急本線→品川駅高輪口（に最も近いのは京急です）→都バス反96
→六本木ヒルズ（サンリオ展）→六本木駅（反96利用の場合はここで引換か、値上げしなかった東京メトロ24時間券購入もあり）→地下鉄日比谷線→上野駅→サンリオガーデンカフェ→地下鉄銀座線先頭車両→渋谷駅→渋谷マークシティ
https://www.tokyubus.co.jp/airport/terminal/s-markcity.html
赤坂見附駅で降りたホーム向かい側に来る地下鉄丸ノ内線へ簡単乗換してバスタ新宿を目指すのもありますが、新宿駅付近では北側の青梅街道の下を走る丸ノ内線は南側にあるバスタ新宿へは遠くなります。
また、地上へ出るため迷いやすくもなります。
それに比べると、地上へ降りることなく、また、恐怖の渋谷ダンジョンへ入ることなく西へひたすら行けばマークシティへ行けるこちらを推奨します。
発車時間が遅い分、滞在時間が延びるのもあります。
なお、渋谷ダンジョンは東急公認です（笑＆マジ）
https://www.tokyu.co.jp/company/information/detail/58371.html
後は貴女方次第。
まあ、地下鉄銀座線か日比谷線沿いが無難かなと…
銀座線
銀座
銀座線は銀座四丁目交差点下。アートアクアリウムなど
京橋
アーティゾン美術館など東京駅八重洲側
三越前
日本橋三越や貨幣博物館など
日本橋
日本橋クルーズや下町探検クルーズがれおんなど
末広町
アキバの北口。ホコ天もここが北限
アキバを縦断し、神田駅から銀座線、万世橋から斜め右〜マーチエキュート神田万世橋前〜靖国通り〜淡路町駅〜丸ノ内線〜赤坂見附駅の降りたホーム向かい側から銀座線へ簡単乗換
もあります。勿論逆もあり。
上野広小路
アメ横の南口。上野松坂屋／旧岩崎邸庭園／湯島天神など
上野
動物園／博物館・美術館群（数時間などあっと言う間）
田原町
かっぱ橋道具街／六区方面
浅草
浅草寺など
日比谷線
銀座
銀座四丁目交差点は先頭車両、数寄屋橋（ソニーパークなど）は最後尾車両から
東銀座
歌舞伎座（一幕見席）や築地場外市場など
人形町
甘酒横丁や水天宮など
秋葉原
電気街とは反対側、銀座線末広町駅の方が便利
但し、書泉ブックタワーなどの昭和通り側はこちらが便利
仲御徒町駅／上野駅
銀座線の方が便利
入谷
かっぱ橋道具街
TokyoSubwayTicketやTokyoCityPass利用の場合、都営地下鉄も乗れるため行ける場所がグッと広がります。
例．
渋谷〜銀座線〜青山一丁目〜都営大江戸線〜六本木〜赤羽橋（東京タワー）〜大門〜日の出桟橋〜水上バス（運賃別途）〜浅草〜銀座線〜上野
水上バスは、日の出桟橋〜お台場海浜公園や浅草〜豊洲（本数極少）もあります。
学割
学割証発行には条件があります。手抜き回答者に引っかかっらないようにご注意下さい。
https://www.jasso.go.jp/gakusei/gakuwari/index.html
