工事用２灯式信号機の無視を見かけました。工事用信号機は無視しても法的効力を発揮しないのでしょうか？

そもそもですが、交通違反となるのは、

公安委員会がここにこういう交通規制をかける必要がある

↓

そのためには公安委員会が意思表示をしたということで標識や信号機を設置する

↓

その標識や信号機に従わなかったことを交通違反として取締りを実施する

という流れで取締りが実施されます。

工事用の信号機というのは、公安委員会が設置したものではないことから、その信号機に従わなかったからといって取締り対象にはなりません。（ただし、その行為で事故が発生した場合の過失割合は考慮されることにはなると思います）