現日本政府（高市内閣）は京都の朝廷の後継組織というのが我々の認識ですが、なぜ朝廷（由緒正しき日本政府）ではない幕府（偽日本政府）が締結した条約が明治時代になっても正式な法令として扱われていたのでしょうか？一体幕府と朝廷のどちらが現在の日本政府の由緒正しき前身の組織なのでしょうか？

外国は江戸幕府を正当な日本政府と認めていました。日本国内がどうとか関係ないです。外国はそう見ていたのです。明治新政府は幕府の後継政権だと自ら外国に名乗りました。幕府との条約も全部受け継ぎます、だから外国政府は明治政府を日本の正当な政府と認めてくださいという意味です。もちろん、幕府と明治政府は無関係です、幕府の結んだ条約は全部破棄しますとやるのも自由ですが、その場合は外国との信頼を失い、外国と全面戦争になったり、旧幕府勢力に外国が大きく肩入する危険性がありました。