確定申告の医療費控除 自由診療の病院で治療を受けています。地方から上京しての治療なのですがその際の新幹線代等は控除の適用になるのでしょうか

わざわざ地方から上京しなければ受けられない治療であることが説明できれば適用になるかと思いますが、そうでなければ適用されるかどうかわかりません。税務署の判断でしょう。