ふたつの方法があります。
▼セーブデータの残し方
売却のためには初期化が必要なので、データを残すにはバックアップまたは移行作業が必要になります。
・Nintendo Switch Onlineに加入する
セーブデータお預かり対応ソフトのみ残しておけます。
解約して180日以上経つとバックアップしたデータが消えるので定期的に加入し続ける必要があります。
https://support.nintendo.com/jp/nso/services/savedata-backup/index.html
・他のSwitchにセーブデータを移行する
セーブデータお預かり非対応ソフトでも残しておけます。
https://support-jp.nintendo.com/app/answers/detail/a_id/36677/
▼ダウンロードソフトの残し方
購入したソフトなどはニンテンドーアカウントに紐づいています。
そのため、任天堂HPからアカウントの削除をしなければSwitchの初期化をしてもソフトは残り続けます。