退職する時、以前なら保険証のカードを会社に返却してましたが、マイナンバーカードと紐付けている場合はどうすればいいですか？

あなたはなにもしなくてもいいです。退職予定日に健康保険組合はマイナ保険証の資格データを取り消します。それでマイナ保険証は無効です。