対向4ポットキャリパーの事だと思いますが。
フォークからキャリパー外して更にパッドを外してピストンの出方を確認したら4つのピストンの出方がバラバラだったという事ですね?
それは普通です。
現在ブレーキ効くのならフルード足してエア抜きすればいいと思いますが、ついでにOHしてみたら?
OHしなくてもキャリパー丸洗いしてピストンの揉み出しすればパッド離れが良くなりレバーのタッチもいい感じになりますよ。
私はブレンボのキャリパーをOH無しで年1、2回の丸洗いピストン揉み出しで20年以上、車種乗り換えても使い回してます。 何の問題もありません。