2004年の巨人が3位に終わった原因は？259本のホームランを打ったのに

より大事なのは得失点差です。チーム打率やホームラン数は相対的には比重の低い指標に過ぎません。

仰る年なら、投手力が弱ったということだと思います。

追記 Ｖ９巨人。９年間通して得失点差がセ・リーグ１位でした。つまり、あの頃の巨人は投手力をメインにした守りのチームだったということですね。ＯＮの存在は大きかったですが、連覇のための必要条件はあくまでも投手力だと思います。