チュートリアルやメインストーリーでは戦闘時の編成キャラが固定されます
要はそのストーリー内容の流れに合わせたキャラが戦闘してるという演出ですなので自分が所持していないキャラが戦いに参加してる場合もあるので、自分がガチャで引いた覚えがないキャラは所有したことにはなりません
基本的にメインストーリーでの戦闘は用意された固定キャラによる戦闘だけど、自分が持ってるキャラで編成してボスを撃破しないといけない箇所が一部あるのでキャラの育成もしておかないと詰むので注意
ちなみに自前のキャラを使って戦う場面とそうでない場面ではシナリオ上での意味合いが違うので、そこも気にして読んでみてください