既にある回答を、同じような内容ですが別の言い回しにしたりしてみます。②が主要な内容で①③は補足や背景みたいなものなので、面倒であれば②だけ読んで下さい。
①「暗記するしかない←これは学問としておかしいのではないか」について
暗記するしかないという意見には基本的に賛成で、そしてあなたの気持ちも理解できます。
これはあなたや回答者が悪いのではなく、現行の学習指導要領(国が決めている学校教育ルール)に原因があります。
具体的にどこが良くないかと言うと、教科書において数学的背景や厳密な定義、学ぶ動機(何に活きるのか)をほぼ明示しないようになっています。数学や物理の学習が追いつかないことや、学校で教える上では抽象的だったり数学的なことを言うと苦手になる人が多いのが理由でこうなっていますが、あなたのような真面目な学習者にとってはむしろ不適切です。
要は大人の事情でこうなっているということで、それに違和感を抱くのは深く学ぼうとする人の自然な反応ですからそのままの気持ちで良いと思います。
②どのように学習するべきか
個人的には、高校の範囲を超えた(ただし、受験に必要な範囲に留めて)教材を使うと改善するように感じます。
提示している苦手箇所(結合の種類,イオン化エネルギー等)は、まさしく高校範囲の制限による影響が特に大きい箇所です。
具体的には、「原点からの化学」というシリーズをおすすめします。学習指導要領では隠されている物理や量子力学が関わる部分をしっかり明示し、高校生でも理解できる書き方がされています。
ひとまずこれの理論化学編を読めば、質問文にある苦手箇所は間違いなく解決すると思います。
③暗記の仕方
何個かおすすめの方法や考え方を挙げます。
・多頻度で多反復できる環境を作る
毎日触れれば覚えます。新しい通学路も毎日通れば自然と覚えるのと同じです。逆に1回だけ降りた駅の構造を全部覚えてたりはしないと思います。
毎日触れるには、負担がかからない量や形式にする必要があります。例えば問題を全て解き直したり、参考書を読み直すのは毎日は無理です。
例えば、「重要な定義だけ」「重要な化学式だけ」「典型問題を解く手順だけ」などを書いた単語アプリや、赤シートで隠せるようなメモを作り、毎日見返すなどの手段が考えられます。そうすれば、電車内や休み時間や寝る前などにサッと確認できます。
また、詳しくは調べて欲しいのですが、赤シートや単語カード形式など「テストできる形式」にすることが非常に重要です。
・日本語で覚える,暗唱する
これは実際にやってもらわないと効力が分からないと思うのですが、日本語で定義を書き、それを暗唱する(実際に声を出さずに心の中で唱えるのでも〇)のがかなり有効だと思います。
ここでも負担の少なさが重要で、長いものは多少情報を削ってでも短く言い換えたり標語的にすると良いです。
ただ、同時に厳密さが大事な部分は残すべきです。主に何を対象とした分類なのかなど。例えば酸化還元反応や中和反応とは、「化学反応」の分類なので、「〜をみたす化学反応」などとします。
・背景理論抜きで丸暗記すべき情報は区別する
例えば、周期表や炎色反応などは、ある程度理屈で補える部分もありますが基本丸暗記です。
一方、「イオン化列」や主要な酸化剤・還元剤の反応先は、もちろん最終的には丸暗記が理想ですが理論背景が思い出すのに効きます。
覚えたい情報が丸暗記すべきなのか、理論背景を追った方がいいのかの区別を意識すると良いと思います。
これに限らず、覚えるべき内容をどう覚えるのかは迷ったら人に聞くのが一番良いです。