どちらも正しい言葉ですが、以下のような違いがあります。
「ご供養いたしました」・・・謙譲語Ⅰ+謙譲語Ⅱ（丁重語）で構成された敬語。供養する『故人』へと、聞き手である遺族の方への敬意が示されています。
「供養いたしました」・・・謙譲語Ⅱ（丁重語）で表されています。聞き手である遺族の方への敬意が示されています。
＊「謙譲語Ⅰ」とは、行為が向かう第三者への敬意を示す敬語。「ご（お）～する」の形や特別な敬語（例：拝見する）によって表される。
＊「謙譲語Ⅱ（丁重語）」とは、物事を丁重に表すことで、聞き手や読み手に敬意を示す敬語。例：「いたします」「～てまいります」など。
＊「ご供養いたしました」は謙譲語Ⅰの「ご供養しました」の「しました」を謙譲語Ⅱの「いたしました」に代えた敬語です。供養する故人と遺族の双方に向けた敬語です。
