上司の同居していた義理のお父さんがなくなりました。香典は連名で出すのがいいのでしょうか？

会社等々によります。

通夜葬儀に出る人は個人で包んで行く。

行かない人は連名にする。

部署一同や部署有志で、個人のものとは別に包む。様々です。

なので、先輩や同僚に相談をしてください。