e5489で予約したサンライズの寝台券特急券についての質問です。次に書くことはやっても良いことなのでしょうか？現在持っている予約はソロの下段（発券前）です。ソロの上段やシングルが空いたときにe5489で二重に予約する↓先に予約していたソロ下段を発券してからみどりの窓口で、あとから予約したソロ上段やシングルに乗車変更してもらうその場合、あとから予約したソロ上段やシングルの払い戻り手数料はかかるのでしょうか？

サンライズの寝台特急券はe5489上では変更出来ないので、他に良い設備を見つけた時は、おっしゃる通り二重に予約する必要があります。
どちらも支払い済みになるので不要な方を発券後にキャンセルする事になりますが、どうしても払い戻し手数料がかかってしまい数日前に払い戻し出来ればまだ340円の手数料で済みますが前日や当日になってしまうと高額な手数料になります。
そこで手数料を抑える為に直接払い戻しするのではなく、帰りの新幹線の特急券に変更するとかすれば手数料は無くなりますし、変更して実際に乗る列車(指定席)が無ければマリンライナーの指定席券等少額な指定券に変更してから払い戻すと前日や当日でも340円の払い戻し手数料で済みます。