こんにちは。
まず、あのピンク丸は「未読バッジ」ではなく、「そのアポカリプスでまだ満たしていない要素がある」というフラグになっていることが多いです。
ストーリー文を最後まで読んでも消えないのはそのせいですね。
具体的には、別ルートのエンディングを見ていない、図鑑内の派生項目が未解放、難易度違いで未達成など、システム側が「コンプしていない」と判定している状態だと付きっぱなしになります。
なので、手動で消す方法はなく、該当アポカリプスの全ルート・全条件を満たした時点で自動的に消える仕様だと思っておくのがいちばん近いですね。
