考えられる事1
かかしの場所が拠点外だと、住人さんは耕してくれません。
考えられる事2
畑が広すぎて範囲を超えている場合、範囲外の畑を一部耕しません。
この場合、かかしの数を追加して、畑全体になる様にすれば解消されると思います。
一部ではなく、全く耕さないのであれば、恐らくはかかしが拠点外になっているのかと思います。
拠点の範囲を確認する方法、拠点内では画面左上に拠点レベルが出ます。
又、拠点外になるとBGMがフィールドのものに切り替わります。
作物の種は、ミッションより先に入手しても住人さんのセリフや演出が不自然になりますが、ゲーム進行に全く影響しません。
先ずは、かかしの場所が拠点外になっていないかを確認してみて下さい。